استادان
نام برخی از اساتید شیخ بهایی از این قرار است :
1. فقه و اصول، تفسیر، حدیث و ادبیات عرب را نزد پدرش شیخ عزالدین حسین عاملی.
2. منطق و کلام و معانی و بیان و ادبیات عرب را نزد عبدالله بن شهاب‏الدین حسین یزدی، معروف به ملاعبدالله مدرس یزدی  مؤلف مشهور حاشیه بر تهذیب منطق معروف به حاشیه ملا عبدالله
3. ریاضی، کلام و فلسفه را از مولانا افضل قاینی مدرس سرکار فیض کاشانی فرا گرفت.
4. طب را از حکیم عماد الدین محمود، طبیب ویژه شاه طهماسب و مشهورترین پزشک ایران در آن دوره آموخت.
5. صحیح بخاری را نزد ابی الطیف مقدسی فرا گرفت
6. همچنین نقل است نزد ملا محمد باقر یزدی مؤلف کتاب مطالع الانوار که از ریاضی‌دانان عصر خود بوده نیز درس خوانده‌است.
  شاگردان
تعداد کثیری از دانشوران نامی قرن یازدهم نزد وی تحصیل کرده‌اند. یکی از محققان معاصر ۳۳ تن از شاگردان او را نام برده‌است که در این‏جا به مشهورترین آن‏ها اشاره می‏کنیم:
1. ملا محمد محسن بن ‏مرتضی بن محمود فیض کاشانی، متوفی ۱۰۹۱ ق.
2. سیدمیرزا رفیع‏الدین محمدبن حیدر حسینی طباطبایی نائینی، متوفی ۱۰۹۹ ق.
3. ملامحمدتقی بن مقصود علی مجلسی، معروف به مجلسی اول، متوفی ۱۰۷۰ ق.
4. صدرالدین محمدبن‏ابراهیم شیرازی، معروف به ملاصدرا، حکیم مشهور قرن یازدهم، فیلسوف بنیانگذار حکمت متعالیه، متوفی ۱۰۵۰ ق.
5. ملامحمدباقربن‏محمد مؤمن خراسانی سبزواری، معروف به محقق سبزواری، شیخ‏الاسلام اصفهان، متوفی ۱۰۹۰ ق.
 شاهکارهای شیخ بهائی : 
1) تقسیم آب زاینده رود
نخستین کار جالب او تقسیم صحیح و طریقه مهندسی آب زاینده رود به محله ها و باغات شهر اصفهان بود , او با محاسبه دقیق و بدست آوردن آمار بارندگی مناطق مختلف اصفهان  ,حومه و کوهستان های اطراف و همچنین سرچشمه زاینده رود , طرح دقیق نهرها و شیب و مقطح آنها و سهم استفاده آب هر باغ و محله و منزل ,  به مشگل و اختلاف چندین ساله این منطقه پایان داد . این منطقه تا قبل از تقسیم آب همیشه در حال نزاع و جنگ و خونریزی قبیله ای برای تقسیم آب بود و با این کار شیخ بهائی این گرفتاری برای همیشه خاتمه پیدا کرد . بر اساس این رساله یا آئین نامه که امروزه به آن دفترچه مشخصات فنی می گویند , تقسیم بندی و استفاده صحیح از آب زاینده رود قانونمند شد و هنوز بر مبنای همان رونوشت تقسیم مقدار آب باتوجه به حرکت و سرعت و کشش و شیب و حجم مناطق زراعی و باغ ها و یا برای استفاده عامه مردم مشخص و معلوم شده است . جالب ترین محاسبه شیخ بهائی در این است که فصل سیلابی زاینده رود را طی 197 روز اوایل آذر ماه و سپس مدت 168 روز برای جریان عادی و منظم برسی و محاسبه کرده است . جالبتر آنکه , این مدت زمان تغییرات و نوسانات تا به امروزه با آمار متوسط عوامل جوی اصفهان منطبق بوده و اصالت خود را حفظ کرده است . شیخ بهائی طرز تقسیم بندی جریان آب زاینده رود را با توجه به محاسبات خیلی دقیق به 33 سهم تقسیم نموده که هر سهم معادل 5 شبانه روز قسمتی از آب رودخانه است که باید آب موجود در رودخانه به هر محله سرازیر شود  که امروزه با نصب دستگاه های مختلف آب سنج ها در نقاط زاینده رود به همان نتیجه رسیده اند که او در 420 سال قبل رسیده بود .
2) ساخت مسجد چهار باغ به روی لجنزار
 کار مهم دیگر شیخ بهائی بنای مسجد مشهور چهار باغ است که چون در مسیر یکی از کانالهای آب زاینده رود قرار داشت و امکان پی ریزی ساختمان عظیم و سنگی آن مواجه با اشکال می گردید و ساختمان مذکور هم نمی توانست روی سطح مرداب و لجن های موجود در اطراف آن قرار گیرد و امکان هر گونه خطر برای ساختمان و به ویژه برای دیوارهای جانبی گنبد و مناره ها وجود داشت ( این کانال هنوز از وسط مدرسه چهارباغ اصفهان عبور می کند ) دست به یک ابتکار زد . شیخ برای اجرای صحیح این کار پیشنهاد کرد که نخست ، مقدار زیادی زغال چوب به ضخامت 2 متر در سرتاسر پی ساختمان پراکنده گردد و پس از کوبیدن زغال در کف پی ها روی آنرا با ساروج و شفته پر کرده و پی های ساختمان را روی ساروج و شفته مذکور بنا نمایند . این روش که عبارت است از استفاده از زغال چوب برای پی ساختمان های روی مرداب و لجن زار است بعدها مورد توجه اروپائیان قرار گرفت و پی و شالوده ساختمانهای عظیم خود را بدین طریق ساختند و هنوز هم در بعضی از نقاط به همین روش عمل می کنند . ضمنا" چون باید ملات گل ساختمان مسجد بهم در آمیخته و با پا و سایر وسایل بخوبی مخلوط شود و از آنجا که هر چه ملات بیشتر پا بخورد چسبندگی گل بهتر شده و خوب عمل می آید , از این لحاظ به دستور شیخ بهائی ابتکاری برای هر چه بیشتر پا زدن گل ها بکار برده شد که ملات بنای مسجد هر روز زیر پای مردم و کودکان اهل اصفهان بلا وقفه پا بخورد و بهم مخلوط و آمیخته گردد . ابتکار شیخ بهائی این بود که دستور داد که هر روز صبح چند سکه طلا را در خاک ملات ها بریزند و سپس گل ساخته و به مردم اطلاع دهند که بیایند و سکه ها را برای خود بیابند . مردم گروه گروه گل ملات ها را از صبح لگدمال کرده و تا غروب آنروز تعدادی سکه برای خود می جستند و بدین طریق گل ملات ها کاملا بهم آمیخته و به قول معمارها عمل می آمد , یعنی همین کاری که امروزه هم برای گل خاک رس کاشی سازی به وسیله ماشین های مکانیکی مخلوط کن انجام می گیرد . ( البته امروز این بناء به مدرسه چهارباغ مشهور است.)
3) گرمابه شیخ بهائی  
 یكی دیگر از كارهای شگفت كه به بهائی نسبت می دهند، ساختمان گلخن گرمابه ای كه هنوز در اصفهان مانده و به حمام شیخ بهائی یا حمام شیخ معروف است و آن حمام در میان مسجد جامع و هارونیه در بازار كهنه نزدیك بقعه معروف به درب امام واقع است و مردم اصفهان از دیر باز همواره عقیده داشته اند كه گلخن آن گرمابه را بهائی چنان ساخته كه با شمعی گرم می شد و در زیر پاتیل گلخن فضای تهی تعبیه كرده و شمعی افروخته در میان آن گذاشته و آن فضا را بسته بود و شمع تا مدتهای مدید همچنان می سوخت و آب حمام بدان وسیله گرم می شد و خود گفته بود كه اگر روزی آن فضا را بشكافند، شمع خاموش خواهد شد و گلخن از كار می افتد و چون پس از مدتی به تعمیر گرمابه پرداختند و آن محوطه را شكافتند، فوراً شمع خاموش شد و دیگر از آن پس نتوانستند بسازند.
می گویند که به احتمال نزدیک به یقین این گرمابه را از روی ایده شمع خودکار احمدبن موسی بن شاکر خراسانی ساخته شده است . طرز کار این شمع خودکار و تهیه آبگرم حوضچه سربینه حمام مذکور با مراجعه به شکل و دست خط و ترسیم احمدبن موسی بن شاکر خراسانی بخوبی مشهود است ,نسخه اصلی کتاب او که فقط در موزه ها و کتابخانه های واتیکان , برلین , لندن , ترکیه موجود است , مکانیسم و عمل کار آن بدین طریق است که شرح می دهم.

طرز کار آبگرمکن   "شیخ بهائی "
چون نقشه اصلی و خط نویسنده کتاب موسی بن شاکر خراسانی در دسترس است و از این لحاظ سعی شده که اصالت نقشه اصلی سازنده حفظ شود و شکل به طریقه برشی مقطع و یا پرسپکتیو و یا ایزومتریک ترسیم نشده است ( یعنی نقشه همانطور ترسیم شده و مثل نقشه های امروزی که به آن نقشه کشی صنعتی می گویند رسم نشده است )
در زمان شیخ بهائی به وسیله یک لوله زیر زمینی به عصارخانه جنب حمام وصل شده بود و با تولید روغن های کرچک و کنجد و روغن های سوختی دیگر که در محل مذکور روغن کشی می شده سوخت حمام تامین میگردیده است. روی شمع مذکور ظرف لکن مسی بوده که حجم ابی را برابر با 3 و یا 4 سطل کنجایش داشته و مرتبا در شبانه روز گرم بوده و اب ان برای کسانی که از شستشو فراغت یافته و سربینهء حمام قسمت خروجی نزدیک در کار گذاشته و جاسازی کرده بودند . دستگاه مذکور را حدود اواخر حکومت زندیه از زیر زمین بیرون اوردند و به خارج از ایران منتقل کردند . این اطلاعات از نسخه منحصر به فرد کتاب " الحبل " که فقط به تعداد سه نسخه است در لندن , برلین و در ترکیه است استخراج شده است . ( اگر دقت کرده باشید تقریبا کار این دستگاه شببیه ابگرمکن های گازی دیواری میباشد که اب را سریع گرم می کند )
باستان‌شناسان امروزی معتقدند كه دلیل گرم شدن گرمابه با یك شمع كانالی بود كه شیخ بهایی در بالای شمع تعبیه كرده بود. این كانال در حقیقت لوله تهویه فاضلاب حمام بود كه گازهای آن بر اثر شعله شمع شعله‌ور می‌شد و آب را گرم می‌كرد. كه بعدها با خاموش شدن شعله گاز دیگر كسی نتوانسته آن را روشن كند.
4)  محاسبات کامپیوتری
یکی دیگر از کارهای برجسته این استاد بزرگ در عملیات حساب و ریاضی , نکته جالبی است که در کتاب " خلاصه الحساب " او امده است . بحث درباره اعداد مزدوج ( اعداد زوج ) و یا بای ناری "Binary " 2 – 4 – 8 – 16 – 32 – 64 – 128 – 256 – 512 – 1024 است . که عدد 2 جذر ,  و 4را مال , و 8 را کعب در نتیجه مال المال = 16 و مال الکعب = 32 کعب الکعب = 64 مال المال الکعب = 128مال الکعب الکعب = 256 کعب الکعب الکب = 512 ما المال کعب الکعب = 1024 انتخاب می کند و سپس روی عدد 1024 متوقف شده و انرا بنام "ام " یعنی مادر بکار برده که امروز در یک کامپیوتر هم به همین ترتیب حساب میشود , با این تفاوت که بجای کلمه " ام " انرا یک " بایت" یا "بیت " میگویند که اغلب کامپیوترها تا 8 بیت مجهز هستند ( البته به تاریخ نگارش این مطلب توجه شود . 1361 ش ) یعنی تا 8 بار عدد 1024 را محاسبه می کنند . معمولا حافظه یک کامپیوتر با بکار بردن " K " حساب میشود که چند کیلوبیت و یا همان عدد " ام " شیخ بهائی است که مال المال کعب الکعب و برابر با 1024 است که جهان ریاضی از ان بخوبی استفاده کرده و ما از ان بکلی بی اطلاع بودیم .
5) ساخت شهر نجف آباد اصفهان
بنابر عقیده علما در زمان سلاطین صفوی درحدود سال1022 هجری قمری از طرف شاه عباس مقداری جواهر و پول نقد برای مقبره حضرت علی علیه السلام اختصاص داده و تصمیم كرده شد كه وجوه مذبور به نجف ارسال شود در این موقع مرحوم شیخ بهایی از این قضیه آگاه می شود و دریافت كه خروج این ذخایر برخلاف مصالح ایران است و برای جلوگیری از ارسال وجوه تدبیری اندیشید...
به حضور شاه عباس كبیر رسید و گفت: دیشب در خواب حضرت علی را زیارت كردم به من فرمود كه نجف اشرف را به جواهرات شما حاجتی نیست جواهرات را صرف ساختمان شهری در نزدیكی اصفهان به نام نجف آباد كنید، شاه را سخن شیخ بهایی مقبول افتاد و با نظارت شیخ بهایی شهر نجف آباد ساخته شد.« به نقل ازعلی اكبر دهخدا، لغت نامه دهخدا، نشر سازمان لغت نامه، تهران 1341، صفحه 357»
همچنین عده ای براین عقیده اند كه شاه عباس خود تصمیم به آبادانی این ناحیه داشت و علّت آن نیز چنین بوده كه چون گاه و بیگاه سلطان به اتفاق ملتزمین ركاب قصد شكار از اصفهان به ناحیه ای كه امروز به نام قمشلو معروف می باشد جهت شكار می رفته و با وسایل ان روز طی این مسافرت خشك و خالی از پوشش گیاهی مشكل وشاه و همراهان در بین راه احتیاج به استراحت گاه و نیز محلی برای تهیه علوفه جهت دامهای خود داشته اند لذا تصمیم بر آبادی این منطقه نمودند. « به نقل از عشقعلی سلیمی بنی، جغرافیای شهری نجف آباد، دانشنامه لیسانس »
روایت دیگر بر آن است كه فارغ از اندیشه شیخ بهایی شتران حامل وجوهات برای نجف اشرف در محلی كه بعدا قدمگاه خوانده شد از حركت باز ایستادند چون تلاش برای به حركت درآوردن آنها بی نتیجه ماند تدبیر برآن قرار گرفت كه وجوه را در همین محل صرف بنای شهری نمایند بدیهی است كه افسانه هایی از این دست بسیار است كه در این مقال نمی گنجد نویسنده تاریخ اردبیل نیز بر این باور است كه شاه عباس نجف آیاد را وقف روشنایی و فقرا و اهل علم نجف اشرف ساخت.
بعد از بنای نوین جمعی از سركشان به حكومت مركزی بندیان سیاسی دراینجا اسكان داده میشوند و صحن وبارگاه و باغات، قدمگاه ها مذكور به صورت بست درآمد تا معترضین به حكومت و سركشان درآن آسوده و در امان باشند.
نجف آباد منطبق بر اصول خاص مهندسی و معماری زمان صفویه بنا گردید و از آغاز در هیئت یك محل مسیونی بنیان یافت، خانه های نجف آباد خیلی مرتب وطبق اصول شهرسازی ساخته شده اند و شاید در این امر نزدیكی زیاد به اصفهان موثر بوده است. « هنریش بروگش، سفری به دربار سلطان صاحب قران»
.... فقط شهر نجف آباد اصفهان را از این جهت مستثنی دیدم، اول دفعه كه آنجا رفتم تصور می كردم شهرداری نجف آباد شهر قدیم را یك سره كوبیده و خیابان كشی و كوچه بندی تازه منظمی كرده است ، بسیار متعجب شدم كه چه شانسی مساجد نسبتا با روح و میدانهای مشجر مصفای انجا داشته اند كه تصادفا( برِ) خیابانهای احداثی یا موازی آنها قرار گرفته اندهچ گوشه ای از آنها بریده یا پریده نشده است. ولی پس از مختصر گردشی در شهر معلوم شده كه شهر سازی نجف آباد به هیچ وجه تازه و مربوط به دوران اخیر نیست.
شهری است كه در زمان شاه عباس به دستور ونقشه شیخ بهایی به عنوان قورخانه ساخته اند و از كارگران اسلحه سازی مسكون گردیده است.
می گفتند كه دكانهای چاقو سازی وكارد وچنگالهای معروف فعلی نجف آباد از بقایای آن ایام اند نجف آباد تنها محلی یا یكی از محلهای نادری است كه چون به منظور خاص و طبق نقشه عمومی با فكر واحد بوجود آمده است دارای نظام و قائده ای است. « آندره زیگفرید، روح ملتها، مقاله سازگاری ایرانی»
6) ساختن کاریز نجف آباد
دیگر از کارهای علمی که به بهائی نسبت می دهند طرح ریزی کاریز نجف آباد اصفهان است که به نام قنات زرین کمر، یکی از بزرگترین کاریزهای ایران است و از مظهر قنات تا انتهای آبخور آن  9 فرسنگ است و به 11 جوی بسیار بزرگ تقسیم می شود و طرح ریزی این کاریز را نیز از مرحوم بهائی می دانند.
7) تعیین سمت قبله مسجد امام
از دیگر کارهای شیخ بهائی، تعیین سمت قبله مسجد امام كه ساخت آن در سال 1612میلادی آغاز شد و در سال 1618 میلادی پایان یافت می باشد.
گفته می شود طرح بنای ساختمان مسجد را شیخ بهائی بر عهده داشت و  مشكل زاویه بین ضلع جنوبی میدان با قبله را به درایت حل نمود. وی با تعیین سمت قبله مسجد امام به مقیاس چهل درجه انحراف غربی از نقطه جنوب  علاوه بر رفع مشکل ساخت مسجد، به یک سلسله اختلاف نظر راجع به تشخیص قبله عراقین  که مفتیان ابتدای عهد صفوی  در مدت یک قرن و نیم در مورد آن اختلاف داشته اندرا نیز حل کرد.
8)تعیین شاخص اوقات شبانه روز از روی آفتاب یا به اصطلاح فنی ساعت آفتابی یا صفحه آفتابی در مغرب مسجد امام
9)منار جنبان اصفهان
از دیگر کارهایی که به شیخ بهایی نسبت می دهند منارجنبان است . منار جنبان در واقع بنایی است که بر روی قبر عمو عبدالله از زهاد و صلحای قرن هشتم هجری بنا شده است.
ایوان منارجنبان از نمونه بناهای سبك مغول ایران و یكی از آثار تك ایوانی دوران ایلخانی است. اما مناره ها در اواخر دوره صفویه به ایوان افزوده شده و با حركت دادن یكی از آنها هم مناره دیگر و هم تمام ساختمان به حركت در می آید.
10) طراحی و ساخت گنبد و بارگاه امام رضا (ع)
از کارهای مهم شیخ بازسازی و مرمت بخش هایی از بارگاه امام رضا ع است
از جمله داستان هایی که نقل می کنند این است هنگامی که شیخ بهایی بارگاه منور امام رضا ع را می ساخت (بازسازی) می کرد قصد داشت که بر در ورودی یکی از صحن ها سنگی قرار دهد که دیگر گنهکار نتواند از آن در وارد حرم شود که گویا شیخ در خواب امام رض ع را می بیند و امام او را از این کار نهی می کند.
وی در سال ۱۰۰۰ خورشیدی در اصفهان درگذشت و بنابر وصیت خودش جنازه او را به مشهد بردند و در جوار مقبرهٔ امام رضا (ع) دفن کردند. هم‌اکنون قبر وی بین مسجد گوهرشاد و صحن آزادی و صحن امام خمینی در یکی از رواق‌ها است.